Obecně lze hydroponicky pěstovat prakticky všechny druhy rostliny. Mezi nejvhodnější však řadíme zejména listovou zeleninu, jako jsou například různé druhy salátů, dále pak plodovou zeleninu, zde se nejčastěji pěstují rajčata, okurky a papriky. Velmi často bývá hydroponicky pěstované i konopí seté, pokojové rostliny, nebo okrasné rostliny pěstované k řezu. Z ovocných druhů se nejčastěji setkáváme s hydroponicky pěstovanými jahodami.
Nejméně vhodné druhy rostlin pro hydroponické pěstování jsou zejména ty, které nejsou v hlavní sezoně rentabilní. Například kořenová a cibulová zelenina. I tyto lze však s úspěchem využít k produkčnímu překlenutí zimních měsíců v menších provozech.