Pravidelná aplikace pesticidů na ochranu rostlin je v dnešní době běžnou součástí půdního pěstování. Každý měsíc se aplikuje celá řada postřiků – od herbicidů na ničení plevelů přes fungicidy na ochranu před houbovými chorobami po insekticidy na hubení veškerých škůdců v porostu. Tyto pesticidy ovšem nezůstávají jen na rostlinách. Ve velké míře jsou pomocí dešťů splavovány do různých vodních toků. Některé z nich se postupným vsakováním dostanou až do spodních vod, které následně kontaminují. Při aplikaci se pesticidy pomocí vzduchu roznášejí do širokého okolí, kde ničí mimo jiné pro přírodu velmi prospěšný hmyz. V neposlední řadě velmi degradují půdu a ta se po určité době stává pro další pěstování nepoužitelná.

Velkým problémem je škodlivost pesticidů na lidský organismus. I po uplynutí ochranné lhůty zůstávají (zhruba v 50 % případů) v plodinách zbytky pesticidu. Nejčastěji a v největším množství se rezidua nacházejí v ovoci (Pepperný, 2015). Pesticidy mají celou řadu negativních účinků, podle výzkumů Světové zdravotnické organizace poškozují nervový systém, plíce, reprodukční orgány, mají za následek dysfunkci hormonálního a imunitního systému, defekty plodu a mohou být také příčinou vzniku onkologických onemocnění a Parkinsonovy choroby (Hrdinová, 2011). Největší hrozbou je tzv. koktejlový efekt. I když většinu pesticidů konzumuje v bezpečných množstvích, denně jich zkonzumujeme několik různých druhů a jejich společný účinek není prozatím dostatečně zmapován.

V hydroponii nepoužíváme pesticidy prakticky vůbec. Díky tomu, že jsme rostlinám schopni dodávat přesné množství minerálních látek, mají větší obranyschopnost a jsou méně náchylné k chorobám. Proti chorobám se v uzavřených pěstebních prostorech velmi efektivně využívá snižování a zvyšování teplot, které zabraňuje jejich vzniku. Velmi důležité je i dodržování přísných hygienických opatření, aby nedošlo k zavlečení patogenu do pěstebního prostoru. Nejvhodnější formou ochrany je však volba odolnějších nebo rezistentních odrůd (Petříková a kol., 2012). Plevele v hydroponii vůbec neřešíme, jelikož jednoduše řečeno nemají kde vyrůst. V boji se škůdci v hydroponii využíváme biologickou ochranu. Jejím principem je potlačení škůdců pomocí jejich přirozených nepřátel (bioagens) viz tabulka. Nejčastěji jsou uměle vysazovány do porostů v podobě predátorů, parazitoidů, nebo patogenních mikroorganismů (Pokluda, Kobza, 2011). Mezi výhody biologické ochrany patří fakt, že při použití bioagens nezůstávají zbytky pesticidů na zelenině. Zelenina se může konzumovat hned a nemusí se dodržovat ochranné lhůty (Navrátilová, 2011). Na rozdíl od chemického postřiku si na biologickou ochranu nemůže patogen vytvořit rezistenci (Pokluda, Kobza, 2011).

Nejběžněji používané bioagens ve skleníku