Jednou z velkých výhod hydroponie je fakt, že k pěstování nepotřebujeme půdu. Proto se také někdy hydroponie nazývá bezpůdní pěstování. Ve skutečnosti nepotřebujeme prakticky žádný substrát a můžeme rostliny pěstovat přímo ve vodě. Některé hydroponické pěstební systémy se podle toho dokonce přímo jmenují např. DWC (deep water culture).

Běžné pěstování v půdě s sebou řadu nebezpečných faktorů jak pro rostlinu, tak pro člověka. Půdní substrát je výborné mediu pro množení řady bakterii, plísní a škůdců. Většina těchto chorob napadá kořenový systém rostlin, díky tomu dochází ke snížení vitality rostlin a zhoršují se jejich růstové vlastnosti. Velké množství plísní, které se tvoří u rostlin, jsou i zdravotním rizikem pro člověka. Plísně totiž tvoří mykotoxiny a ty téměř všechny poškozují játra a ledviny, působí negativně na imunitní systém a některé jsou potenciálně karcinogenní (Strunecká, 2012). Typickým příkladem jsou bílé povlaky plísní na substrátech pokojových rostlin.  V půdních substrátech se také ve velkém nacházejí larvy smutnic, které napadají mladé kořínky rostlin. Z domovů je můžeme znát jako malé černé mušky létající okolo přemokřených květináčů.

V hydroponii tyto problémy neřešíme. V základu můžeme pěstovat buď bez použití jakýchkoliv substrátů, anebo použijeme některý z dostupných inertních substrátů vhodných pro hydroponii. Pěstování přímo ve vodě je vhodné především pro rostliny nižšího vzrůstu, které nepotřebují mechanickou oporu v podobě substrátu a mají kratší pěstební cyklus, např. listová zelenina, bylinky. U těchto systémů je důležité správné provzdušnění, aby nedošlo k udušení kořenů (asfyxii). Druhou variantou je použití inertních substrátů jako např. rockwool, perlit, kokosové vlákno, štěrk.  Slovem inertní označujeme substrát, který neobsahuje žádné živiny a ani z živného roztoku žádné neodčerpává. Pěstování se substrátem použijeme většinou tam, kde rostlina dorůstá vyšších rozměrů a bez správné opory by se mohla vylomit (rajčata, okurky, papriky).

Na závěr lze říci, že rostliny pěstované v hydroponických systémech dosahují vyšších výnosů a mají lepší morfologické vlastnosti než rostliny pěstované v běžném půdním substrátu. Jedním z důvodů je fakt, že jsou kořeny rostlin v bezpůdním pěstování daleko lépe okysličovány, jelikož inertní substráty mají daleko větší hustotu průduchů než půda – v průměru až o 35%. (Texier, 2018)